Las intolerancias digestivas que tienen una base genética son la intolerancia al gluten (o enfermedad celíaca), la intolerancia a la lactosa y a la fructosa. De ellas se puede conocer la predisposición genética y en caso de obtener un negativo en el análisis, descartar su aparición en el paciente. Se realizan a partir de una muestra de sangre y el resultado es válido para toda la vida.

- Enfermedad celíaca: es una intolerancia permanente al gluten en individuos genéticamente predispuestos, que causa lesiones graves a la mucosa del intestino delgado y lleva a la atrofia de las vellosidades intestinales y una absorción inadecuada de nutrientes. Afecta al 1% de la población general, pero se encuentra infradiagnosticada, ya que los síntomas no son solo digestivos. El único tratamiento es una dieta estricta sin gluten de por vida.

- Intolerancia a la lactosa (Hipolactasia adulta): se realiza el estudio genético para conocer el riesgo de intolerancia a la lactosa y poder determinar si se trata de una intolerancia genética o si es secundaria a otros síntomas o enfermedades (como la enfermedad celiaca).

- Intolerancia a la fructosa: es un trastorno genético del metabolismo, por el cual el paciente no degrada de manera adecuada el azúcar fructosa.